قرر النائب العام المصري إحالة البلاغ لنيابة أمن الدولة العليا للتحقيق، بناءً على البلاغ المقدم من المحامي عمرو عبدالسلام ضد المركز،حيث اتُهم مجلس أمناء المركز ببث أفكار متطرفة والتشكيك في ثوابت الدين الإسلامي والسنة النبوية، وزعم تجديد الخطاب الديني وتعمد إعطاء معلومات مغلوطة للجماهير والتشكيك في علم الحديث.
بالمقابل، أعلن الأزهر تدخله لمواجهة المركز، حيث أكد الدكتور عباس شومان، أمين عام هيئة كبار العلماء بالأزهر، أنهم يراقبون موقف المركز ويتابعون كل ما ينشر عنه للتحقق من الحقيقة. وأضاف أنهم سيتخذون الإجراءات اللازمة بعد التأكد من الأمر.
وتصاعدت الانتقادات ضد المركز، حيث شنَّ خطيب المسجد الأزهر هجومًا حادًا على ما وصفهم بالمشككين في تراث الإسلام وثوابته.
وفي إطار جهوده لمواجهة الفكر المنحرف، أعلن الأزهر إنشاء وحدة تسمى “بيان” لمواجهة الفكر المنحرف دينيًا والتشكيك في ثوابت الإسلام، رغم أن الوحدة موجودة منذ 6 سنوات.
